Povod njihova dolaska bila je analiza fragmenata pluteja sa reljefnim prikazima koji su pronađeni na lokalitetu Crkvina (Kalvarija) u Malom Mošunju. Prilikom izgradnje crkve koja je dovršena 1913. godine pronađeni su brojni nalazi koji potječu iz različitih perioda, počev od kasnog brončanog doba, kada je na lokalitetu egzistiralo gradinsko naselje pa sve do perioda kasne antike. Manjim arheološkim istraživanjima koje je sproveo Ivan Kujundžić pronađeni su ostaci ranokršćanske crkve, presvođene grobnice, te veliki broj ulomaka arhitektonske plastike.
Prema riječima izv. prof. dr. sc. Baraka Perica ulomci dva pluteja sa figuralnim prikazima su, izuzetno raritetni nalazi, ne samo u Bosni i Hercegovini nego i svijetu, te igraju važnu ulogu u proučavanju rankršćanskog razdoblja.
U Odjeljenju za arheologiju sa pripadajućim zbirkama, nalaze se vrlo vrijedni arheološki nalazi kao što su brojne keramičke posude iz različitih perioda, brončanodobne ostave, kaciga, srednjovjekovni mačevi, luksuzni srednjovjekovni pojas, numizmatički nalazi i epigrafski spomenici, a koji privlače pažnju naučnika ne samo iz Bosne i Hercegovine nego i Hrvatske, Austrije, Italije i Francuske koji su u svojim istraživanjima koristili eksponate iz našeg bogatog fundusa.
Osim nalaza koji su već pohranjeni u zbirke Muzeja ili čine dio stalnog postava, veliki broj predmeta biva prikupljen i arheološkim iskopavanjima koja se, u saradnji sa stručnjacima iz Austrije i Hrvatske i ove godine sprovode na dva lokalitet i to lokalitetu iz brončanog i željeznog doba, te po prvi put, na nedavno otkrivenom paleolitskom pećinskom lokalitetu u okolini Travnika.
Implementacijom projekta adaptacije prizemlja zgrade Muzeja, kojim je planirana izmjena i modernizacija stalnih izložbenih postavki, mnogi vrijedni eksponati koji su trenutno pohranjeni u muzejskom depou bit će po prvi put izloženi posjetiocima na uvid.
